Αίθουσα 2: η έκθεση εδώ ξεκινά με τη γεωμετρική εποχή και εστιάζει την προσοχή στην ιστορική εξέλιξη των σημαντικότερων πόλεων – κρατών της δυτικής Κρήτης, την Πολυρρήνια και τη Φαλάσαρνα. Οι δύο πόλεις άκμασαν στους ελληνιστικούς χρόνους, η πρώτη ως χερσαία και η δεύτερη ως ναυτική δύναμη.
Αίθουσα 3: συνεχίζεται η παρουσίαση των ελληνιστικών χρόνων με κεραμικά ευρήματα από μη αυτόνομες πόλεις και οικισμούς της ευρύτερης περιοχής. Χαρακτηριστικά δείγματα της κεραμικής παραγωγής της δυτικής πλευράς της Κρήτης είναι οι μεγάλοι αμφορείς με μαύρο γάνωμα και επίθετα ανάγλυφα εμβλήματα κατασκευασμένα με μήτρες.
Στην ίδια επιμήκη αίθουσα εκτίθενται ελληνιστικές επιγραφές και στη συνέχεια το μεγαλύτερο μέρος της συλλογής γλυπτών της περιοχής της Κισάμου, έργα ως επί το πλείστον της ρωμαιοκρατίας.
Στο χώρο του ανελκυστήρα, κάτω από το κλιμακοστάσιο, διατηρείται στη θέση του μέρος της ανασκαφής ρωμαϊκού λουτρού, πάνω στο οποίο είχε ανοικοδομηθεί το Μουσείο κατά την ενετοκρατία.
Η ελληνορωμαϊκή πόλη της Κισάμου, όντας η ίδια λιμάνι στο σταυροδρόμι των θαλάσσιων δρόμων της εποχής, παρουσιάζει μια ιδιαίτερη άνθηση στους ρωμαϊκούς αυτοκρατορικούς χρόνους. Τα δημόσια οικοδομήματα, κυρίως συγκροτήματα λουτρών δείχνουν μέσα από τη λάμψη του μαρμάρου στην αρχιτεκτονική και γλυπτική διακόσμηση, μια τρυφή και αγάπη για την πολυτέλεια. Από τις ανασκαφικές ανακαλύψεις ξεχωρίζουν οι εκτεταμένες αστικές επαύλεις, απ’ όπου διασώθηκαν κυρίως τα ψηφιδωτά δάπεδα, κάποια γλυπτά, μαρμάρινα τραπεζοφόρα και πλήθος ενδείξεων τοιχογραφικού διακόσμου, πεσμένου στο έδαφος σε θραύσματα.....











