Η νησιωτική φύση της Κρήτης και ιδίως η τέλεια απομόνωσή της μέσα στο πέλαγος αποτελούσαν μεγάλο πλεονέκτημα για την άμυνά της. Την φυσική αυτή οχύρωση την ενίσχυαν 8 κάστρα, από τα οποία τα κυριότερα ήταν ο Χάνδακας, το Ρέθυμνο και τα Χανιά. Τα υπόλοιπα 5 ήταν μικρά επάνω σε επίκαιρα νησάκια: τρία, η Γραμβούσα, οι Αγ. Θεόδωροι και ή Σούδα, γύρω από τα Χανιά, ανίκανα να εμποδίσουν την απόβαση στην Περιοχή, και τα υπόλοιπα δύο η Σπιναλόγγα και το Παλαιόκαστρο, πού δεσπόζει το λιμάνι των Φρασκιών. Ήδη ό δούκας της Κρήτης Dolfin Venier στα 1610 και ο στρατηγός Moresini στα 1629, ύστερ’ από επιθεώρηση πού είχαν κάνει, είχαν επισημάνει τα αδύνατα σημεία των οχυρώσεων, την ανάγκη επιδιορθώσεων τειχών, υδραγωγείων, δεξαμενών κ. λ., την κατασκευή συμπληρωματικών έργων, την οργάνωση, τον εφοδιασμό των ναυπηγείων Χάνδακα και Χανιών, την κατασκευή και την επάνδρωση αρκετών γαλερών με την έγκαιρη στρατολογία των αναγκαίων «κατεργάρηδων»κ.λ.
Ο στρατός (militia) τής Κρήτης αποτελούνταν από ξένους πεζούς και ιππείς, μισθοφόρους και μη. Οι μισθοφόροι πεζοί υπηρετούσαν μόνιμα στα κάστρα υπό την διοίκηση των καπετάνιων και των αξιωματικών, που δεν ήταν καθόλου καλοί. Ο μισθοφορικός στρατός ανέβαινε στις 4.000, από τις οποίες 2.000 περίπου....