Υπήρξε διδάκτωρ του Πανεπιστημίου της Χαϊδελβέργης και μέλος της ελληνικής αρχαιολογικής υπηρεσίας από το 1963. Γεννήθηκε στην Αθήνα το 1936. Πήρε πτυχίο από το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών. Υπηρέτησε σε πολλά μέρη της Ελλάδας, στην Κρήτη, στο Μουσείο Ηρακλείου, αρχικά ως επιμελητής (1963-1968) κι αργότερα ως διευθυντής του (1980-1987) και στην Αθήνα ως επιμελητής και έφορος των Προϊστορικών Συλλόγων (1970-1980) και υποδιευθυντής (1987-1994) του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου.Με πρωτοβουλία του και με τη βοήθεια της συζύγου του Έφη Σακελλαράκη, πραγματοποιήθηκαν ανασκαφές στις Αρχάνες στο Ιδαίο Άντρο και τελευταία στα Κύθηρα, ενώ ανακάλυψε την μινωική πόλη Ζώμινθο.
Η Ζώμινθος αποτελεί μάλλον το σημαντικότερο έργο της ζωής του.
Η Ζώμινθος βρίσκεται στην οροσειρά της Ίδης, στο όρος Ψηλορείτη στο κέντρο της Κρήτης. Δεσπόζει στο ομώνυμο οροπέδιο της Ζωμίνθου σε υψόμετρο 1187μ., 7.5 χλμ. δυτικά από τα Ανώγεια στο δρόμο προς το οροπέδιο της Νίδας.
Στα μινωικά χρόνια από τη Ζώμινθο περνούσε ο ιερός δρόμος που ξεκινούσε από το ανάκτορο της Κνωσού και κατέληγε στο ιερό σπήλαιο Ιδαίον Άντρο. Η Ζώμινθος είναι μία σπουδαία ανακάλυψη του κ. Γιάννη Σακελλαράκη, που οδηγήθηκε εκεί, ακολουθώντας το αλάθητο ένστικτο ενός έμπειρου αρχαιολόγου με πλούσιο ανασκαφικό έργο στο ιστορικό του, όταν άκουσε από έναν ντόπιο το τοπωνύμιο Ζώμινθος.
Το καλοκαίρι του 1982 ο καθηγητής Αρχαιολογίας Γιάννης Σακελλαράκης με τη σύντροφο του στις ανασκαφές και στη ζωή Έφη Σαπουνά Σακελλαράκη ξεκίνησαν μια συστηματική ανασκαφή στο Ιδαίον Άντρο, το ιερό σπήλαιο του Ψηλορείτη, λίγα χιλιόμετρα απόσταση από τη Ζώμινθο.
Εκεί για πρώτη φορά άκουσε το όνομα Ζώμινθος από ένα βοσκό που του εξηγούσε πού έβοσκε τα ζώα του. Η κατάληξη -ινθος δηλώνει ότι το όνομα Ζώμινθος είναι προελληνικό κάτι που δεν άφησε αδιάφορο τον ανήσυχο αρχαιολόγο, που κατάλαβε αμέσως ότι είχε κάνει μία σημαντική ανακάλυψη.
Το ίδιο καλοκαίρι (31 Αυγούστου 1982) επισκέφτηκε την περιοχή, όπου με το έμπειρο μάτι του μπόρεσε να διαγνώσει ότι όντως η Ζώμινθος είναι ένας χώρος που δεν αγγίχτηκε από τον άνθρωπο τα τελευταία 1500 χρόνια και κρύβει σπουδαίες πληροφορίες για το απώτερο μινωικό παρελθόν.
Οι πρώτες ανασκαφές στη Ζώμινθο αν και μικρής κλίμακας έγιναν από το 1983 μέχρι το 1990 από τον Γιάννη και την Έφη Σακελλαράκη. Το 2004 η ανασκαφή ξεκίνησε ξανά και συνεχίσθηκε αδιάκοπα μέχρι σήμερα.
Τα καλοκαίρια πήγαινε στην Ζώμινθο για ανασκαφές, όπου έμενε για μήνες σε συνθήκες, όμορφες όπως έλεγε ο ίδιος, αλλά σκληρές θα λέγαμε εμείς. Συχνά χωρίς ηλεκτρικό ρεύμα και ανέσεις. Αλλά με αγάπη για τον τόπο.
Αρκεί να πούμε ότι η εφημερίδα Καθημερινή σε σχετικό αφιέρωμα που είχε κάνει παλαιότερα, ανέφερε επιστημονική άποψη σύμφωνα με την οποία η συγκεκριμένη ανασκαφή ήταν επιστημονικού επιπέδου ανάλογου της ανασκαφής που έκανε ο Σλίμαν στην Τροία. Αυτό θα βγει στην επιφάνεια μετά από χρόνια. Ο Γιάννης Σακελλαράκης δεν είχε ανάγκη προβολής.
Ο Γιάννης Σακελλαράκης είχε ζητήσει να ταφούν τα οστά του μετά τον θάνατό του εκεί και έτσι θα συμβεί, όπως και ο θάνατός του να ανακοινωθεί μετά την κηδεία του.
