Η περιοχή έχει κατοικηθεί αρχικά από νεολιθικούς ανθρώπους, των οποίων δεν έχει εξακριβωθεί τελείως η φυλετική προέλευση. Τα μόνα στοιχεία τα οποία, υπάρχουν είναι ορισμένα ευρήματα από την περίοδο αυτή, από τα οποία και συμπεραίνουμε την ύπαρξη τους.
Όταν το Ρωμαϊκό κράτος διαιρεθηκε σε δυτικό και ανατολικό, η περιοχή έγινε μέρος του ανατολικού κράτους και αργότερα βυζαντινή επαρχία.
Ο Κλαύδιος Πτολεμαίος αναφέρει ότι κατά την Ελληνορωμαϊκή περίοδο στη Δυτική Κρήτη, στην περιοχή του σημερινού χωρίου Σφηνάρι, υπάρχει η πόλη Ιναχώριον. Επίσης στον κατάλογο των αρχαίων πόλεων της Κρήτης, στην Creta Sacra, αναφέρεται η πόλη Ιναχώριον κοντά στο ομώνυμο ακρωτήριο, το ονομαζόμενο σήμερα Σφηνάρι.
Πολλαπλές οι ιστορικές αναφορές στο Ιναχώριον όπως για παράδειγμα στην Margarita Guarducci στο θέμα Πολυρρήνια αναφέρει: Χερσόνησος, Ραμνούς Λιμήν Ίνα χωρίον. Ο Γάλλος καθηγητής Paul Faure, αναφέρει στις Κρητικές πόλεις της ρωμαϊκής εποχής και την πόλη Ιναχώριον. Αναφορά στο « εννιά Χωρία» γίνεται επίσης από το Πτολεμαίο.
Αναφέρεται κατάλογος αρχαίων πόλεων Κρήτης ΚΩΔ.918/8392 της VII σειράς χειρόγραφων της Μαρκινής βιβλιοθήκης, που δημοσιεύτηκε στα ΚΡΗΤΙΚΑ ΧΡΟΝΙΚΑ Τομ. ΙΑ σελ 289.
Αναφορές για το Ιναχώριο από Ιερώνυμο Σεμιτέκολο 1639.
Η λέξη χωρίον χρησιμοποιείται κυρίως με την έννοια οικισμός αλλά και ως τοπωνύμιο μη κατοικουμένου χώρου.
Στην απογραφή του 1881 ονομάστηκε Δήμος Εννέα Χωρίων, ο δήμος που περιλαμβάνει τα χωρία:
Βαράδω, Μελισσιάς, Σφηνάρι, Κάμπος, Κεραμωτή, Αμυγδαλοκεφάλι, Περιβόλια, Κούνενι ( Βάθη) Τζιτζιφιά, Αερινός, Κεφάλι, Λούχι, Έλος, Λίμνη, Ρογδιά, Βλάτος, και μερικούς οικισμούς.
Ιστορικές παραδόσεις με Σαρακηνούς δείχνουν την αραβική κυριαρχία και στα Εννέα Χωριά. Η παρουσία του Ενετικού κτίσματός στο χωρίο Κεφάλι, η Ενετική εκκλησία Σάντα Μαρία που σώζεται ακέραιη αλλά ετοιμόρροπη και η γεωμετρική ελαιοφύτευση ανάμεσα Πλοκαμιανών και Κούνενι αποδεικνύουν την Φραγκοκρατία στην περιοχή.
Η τουρκοκρατία είναι πρόσφατη ιστορικά, με νωπές τις μνήμες και πληγές. Τοπωνύμια όπως: Αγαδικό, Μπέη φαράγγι, Σμαήλι ρυάκι, Μεζάρι, τουρκοκαύλακο – με τη σφαγή του Λαφονησιού κ.α. Καθώς η παρουσία του άγριου σμήνους μελισσών που εμπόδισε τους Τουρκοαιγύπτιους να βλάψουν το τότε προσκύνημα της Χρυσοσκαλίτισσας είναι βιώματα για όλη την περιοχή και θυμίζουν τον Τούρκο Κατακτητή. Πολλοί οι αγώνες, μεγάλες οι θυσίες. Τα ονόματα Σκαλίδης, Καθεκλάς, Γεωργιλάδες, Παπαγιαννάκης, Περίδης κ.α. συμπληρώνουν το πάνθεο των ηρώων που δόξασαν τον τόπο με την μέγιστη προσφορά τους στο ανέβασμα του Γολγοθά για λευτεριά και αξιοπρέπεια.
Το 1823 ο Σήφακας στήνει το αρχηγείο του στην Ρογδιά για να επιτηρεί τους Σελινιώτες Τούρκους. Την Κυριακή της Τυροφάγου ενώ διασκέδαζε με τους άνδρες του, Τουρκοσελινιώτες μπήκαν κρυφά στα Περβόλια και έσφαξαν 50 χριστιανούς. Πήραν μάλιστα φεύγοντας για λάφυρα και μερικά κεφάλια. Μάρτυρες αναφέρουν ότι πράγματι βρέθηκαν σε τάφους ακέφαλοι σκελετοί.
Η επιδρομή του Σήφακα κυνηγώντας τους Τουρκοσελινιώτες σφαγείς ήταν η τελευταία, γιατί έπαθε πνευμονία και πέθανε στα Τοπόλια χωρίς ιατρική βοήθεια. Η κηδεία του έγινε στη Μονή Γωνιάς και εκφωνήθηκαν δύο επικήδειοι από τον Κ. Κριτοβουλίδη και τον Παναγιώτη Νικολαϊδη Σμυρναίο. Ο θάνατος του Σήφακα ήταν απώλεια για τον αγώνα και βύθισε σε πένθος τους επαναστάτες.
Με την την επανάσταση του 21 και τις σφαγές των Αιγυπτίων τα πράγματα ηρέμησαν κάπως. Οι τούρκοι έφυγαν από τα χωριά και κλείστηκαν στα κάστρα των πόλεων γιατί φοβούνταν νέα επανάσταση.
Το 1835 ο Άγγλος Πάσλεϊ περιοδεύει στην Κρήτη και περνά από τα Εννιά Χωριά, από τον Κάμπο, Κεραμωτή, Αμυγδαλοκεφάλι, Μακεριανά (έτσι αναφέρει τα Σημαντιριανά) Βαβουλιανά, Κούνενι Τζιτζιφιά και πηγαίνει στο Σέλινο. Αναφέρει λεπτομέρειες για τα κοπάδια, το φόβο των ντόπιων από τους επιτηρούντες τούρκους και τον καταρράκτη Ρέτζακα πάνω από την Τζιτζιφιά.
Στην νέα επανάσταση του 1841 πλοία προσεγγίζουν το Στόμιο και εφοδιάζουν τους επαναστάτες. Τότε έγινε και η γνωστή μάχη στο Κολοκύθι, βόρεια της Χρυσοσκαλίτισσας με τους Καθεκλά και Χρυσοφόπουλο (Κουνενιώτες) ερχόμενους με εθελοντές.
Η περιοχή πάντα ήταν πολυάνθρωπη με εξαίρεση τις εκάστοτε γενοκτονίες και τους ξεσπιτωμούς που ο πληθυσμός αφανιζόταν. Για παράδειγμα, είδαμε την απογραφή του 1834, 10 χρόνια μετά τη σφαγή του Λαφονησιού, στα Εννιά Χωριά.
Στην απογραφή του 1881, έχουμε: 754 χριστιανικές οικογένειες και μόνο δύο τουρκικές στην Κουφή Καρά. Σχεδόν τριπλάσιος ο χριστιανικός πληθυσμός και μηδενισμένος ο τουρκικός.
Ακόμη και στη σκλαβιά, λόγω του ορεινού και απομονωμένου τοπίου, τα Εννιά Χωριά, δεν είχαν συνέχει το βάρους του ζυγού των πεδινών. Διατηρούσαν δικά τους καπετανάτα, πράγμα που αναγνώριζαν οι Τούρκοι. Είχαν μια αυτονομία Σφακιανού τύπου. Μερικές φορές μάλιστα η τουρκική διοίκηση καλούσε σε βοήθεια τους Εννιαχωριανούς για δικά της εσωτερικά προβλήματα, όπως την περίπτωση του Χατζή Οσμάν (Πνηγάρη) Πασά που με την βοήθεια των Εννιαχωριανών με τον Καθεκλά κρέμασε αρκετούς γιανιτσάρους στον πλάτανο του Καστελιού το 1812.
Αξίζει να αναφερθεί ότι οι Εννιαχωριανοί δεν πολεμούσαν μόνο στον τόπο τους και αδιαφορούσαν για τους παραπέρα. Παρόντες παντού και πάντα σ’ όλα τα προσκλητήρια για λευτεριά. Διωγμένοι και αποκηρυγμένοι οι Γιωργιλάδες από το Κούνενι πολέμησαν στο Μανιάκη, Τρίπολη, και Ναυαρίνο κοντά στον Παπαφλέσα, Κολοκοτρώνη και Νικηταρά. Στον Μακεδονικό αγώνα, στη Μικρά Ασία και Αλβανία, παρόντες με τον ανάλογο φόρο αίματος και Μαρτυρίου. Φτάνουμε στην γερμανική κατοχή που σημάδεψε τα Εννιά Χωριά με το κάψιμο των Χωριών Κούνενι και Λίμνη, με την θυσία αρκετών Εννιαχωριανών, με τις αγγαρείες, φυλακίσεις και βασανιστήρια. Αιματοβαμμένη και η περίοδος του εμφυλίου. Έτσι συμπληρώνεται σχεδόν επιγραμματικά η ιστορική αναδρομή. Δεν είναι του παρόντος ν’ αναπτυχθεί σε έκταση ούτε μια απ’ αυτές τις περιόδους, γιατί, κάθε μια θα αποτελούσε ξεχωριστό έργο.
Ο Σπύρος Ζαμπέλιος αναφέρει τα Εννιά Χωριά και περιγράφει τη θλιβερή συνοδεία της μεταφοράς του νεκρού Κατανολέοντα στη περιοχή Χρυσοσκαλίτισσας – Σταυρού για ταφή. Εκεί κοντά ήταν τότε τα σύνορα Κισάμου και Σελίνου (Ενετοκρατεία). Αργότερα μετατοπίστηκαν νοτιότερα με την αγορά των ιδιοκτησιών από τους Εννιαχωριανούς και κυρίως της μεγάλης περιοχής του Βολακιά που σχεδόν ολοκληρώθηκε στις πρώτες δεκαετίες του 20ου αιώνα. Τότε οριστικοποιήθηκαν τα σύνορα από Παρτσάλη - Σπήλιο – Κοντοπύριδω – Δρομαλάκι μέχρι Νεροβολάκους της Βουλισμένης λίγο ποιο πάνω απ’ το Ρουσοκέφαλο.
Τότε, όλες οι αμμούτσες γύρω από το νερό και τη Βουϊδο κολύμπα σπέρνονταν με σίκαλη και ο δρόμος για το νερό δεν ήταν ευθύς από Οκτώβρη που άρχιζε η σπορά με τον Ιούνιο που θέριζαν. Το δρομάκι κατέβαινε για 9 μήνες μέχρι τους Νεοβολάκους γιατί δεν μπορούσαν να περνούν μέσα από τα σπαρμένα. Εκεί σταματούσε, εκεί ήταν σύνορα Κισάμου και Σελίνου. Έτσι έλεγαν οι παλιοί.
ΦΩΤΟ ΟΙ ΚΑΜΙΝΑΔΕΣ ΤΟΥ ΜΑΝΟΥΣΑΚΗ
Σύμφωνα με ρεπορτάζ του τοπικού τύπου, το φαινόμενο παρατηρούν αρκετοί παραγωγοί των πρώιμων, βόρειων περιοχών του νομού Ηρακλείου. Σε αυτές τις περιοχές έχει να βρέξει τουλάχιστον ένα μήνα και οι θερμοκρασίες είναι εξαιρετικά υψηλές.
