Η βασιλική είναι ένα δημόσιο κτίριο που χρησιμοποιούνταν στην αρχαία Ρώμη ως χώρος δημοσίων συνεδριάσεων, εμπορικών συναλλαγών αλλά και ως δικαστήρια. Από τον 4ο αιώνα η βασιλική προσαρμόστηκε στις ανάγκες λατρείας των χριστιανών και αποτέλεσε για πολλούς αιώνες τον κυριότερο αρχιτεκτονικό τύπο εκκλησιαστικού κτιρίου, τόσο στην Ανατολή όσο και στη Δύση, είτε στην αρχική μορφή της, είτε ως τρουλαία Βασιλική.
Τέτοιο κτίριο ήταν η «Βασίλειος Στοά» των Αθηνών, η οποία ονομάστηκε έτσι προς τιμή του άρχοντος βασιλέως. Από αυτόν πήρε και το όνομα βασιλική. Οι χριστιανοί ονόμασαν τους ναούς αυτούς βασιλικές διότι σε αυτές λατρεύονταν ο Βασιλεύς Χριστός.
Μετά το τέλος των διωγμών, η Εκκλησία ήταν ελεύθερη να αναπτυχθεί. Οι παλαιοί και μικροί ναοί δεν εξυπηρετούσαν πλέον τις λατρευτικές ανάγκες του μεγάλου πλήθους των πιστών. Γι' αυτό άρχισαν να κτίζονται μεγάλοι ναοί σε ολόκληρη την αυτοκρατορία. Πρόκειται για τις περίφημες παλαιοχριστιανικές βασιλικές, οι οποίες ήταν τεράστια επιμήκη οικοδομήματα, διαιρούμενα εσωτερικά, δια κιονοστοιχιών, σε κλίτη, καταλήγοντας στην ανατολική μικρή πλευρά σε αψίδα (κόγχη), και τα οποία κυριάρχησαν τον 4ο και 5ο αιώνα.
Παρόλο που στην βιβλιογραφία για την Κίσαμο αναφέρεται ότι υπήρχε η βασιλική της Κισάμου κάτι τέτοιο ως και σήμερα δεν έχει βρεθεί, παρ΄ όλες τις προσπάθειες εδώ και 30 χρόνια του κ. Ανδριανάκη και άλλων αρχαιολόγων.
Στις τελευταίες όμως ανασκαφές του περασμένου χρόνου, μάλιστα σε ιδιωτική ανασκαφή, στην πόλη της Κισάμου, αποκαλύφτηκε τρίκλητος κατεστραμμένος ναός, αλλά με ευδιάκριτο το ιερό και το συνθρόνο του, αλλά και την βάση από την πρώτη κερκίδα. Βρέθηκε ακόμα και ο στυλοβάτης του τέμπλου, το δάπεδο του ναού είναι από ψηφιδωτό και αρκετές κολώνες που δηλώνουν ότι πρόκειται για παλαιοχριστιανική εκκλησία.
Στην Κίσαμο ο παλαιότερος ναός σήμερα είναι του Αγίου Σπυρίδωνα του 1865 (λένε οτι κτίστηκε εκ θεμελίων σε μικρότερο ιδιωτικό ναό που άνηκε στην οικογένεια Μαρή) δεν υπάρχει τίποτα παλαιότερος αν και η γη μαρτυρά το αντίθετο (νεκροταφεία παλαιοχριστιανικά) και θα πρέπει να υπήρχαν αρκετές εκκλησίες. Στις ως και σήμερα ανασκαφές ένα γύρω από την πόλη δεν υπήρχε ποτέ σοβαρή ένδειξη για ναό ως και πέρυσι. Τώρα όλα συνηγορούν ότι βρισκόμαστε πολύ κοντά σε κάποια ή στην μια και μοναδική βασιλική της Κισάμου.
Φυσικά τίποτα δεν είναι σίγουρο ώσπου να αποκαλυφθεί όλος ο ναός, αλλά φαίνεται καθαρά ότι η αρχαιολογική σκαπάνη κάτι αξιόλογο ανακάλυψε.
Για την ιστορία ο επίσκοπος Κισάμου έφυγε από την πόλη της Κισάμου λόγω των πειρατών και των συχνών επιδρομών που λεηλατούσαν σπίτια και ναούς και πήγε και εγκαταστάθηκε στην Επισκοπή Κισάμου όπου έγινε έδρα της Επισκοπής κατά την δεύτερη βυζαντινή περίοδο.
Τέτοιο κτίριο ήταν η «Βασίλειος Στοά» των Αθηνών, η οποία ονομάστηκε έτσι προς τιμή του άρχοντος βασιλέως. Από αυτόν πήρε και το όνομα βασιλική. Οι χριστιανοί ονόμασαν τους ναούς αυτούς βασιλικές διότι σε αυτές λατρεύονταν ο Βασιλεύς Χριστός.
Μετά το τέλος των διωγμών, η Εκκλησία ήταν ελεύθερη να αναπτυχθεί. Οι παλαιοί και μικροί ναοί δεν εξυπηρετούσαν πλέον τις λατρευτικές ανάγκες του μεγάλου πλήθους των πιστών. Γι' αυτό άρχισαν να κτίζονται μεγάλοι ναοί σε ολόκληρη την αυτοκρατορία. Πρόκειται για τις περίφημες παλαιοχριστιανικές βασιλικές, οι οποίες ήταν τεράστια επιμήκη οικοδομήματα, διαιρούμενα εσωτερικά, δια κιονοστοιχιών, σε κλίτη, καταλήγοντας στην ανατολική μικρή πλευρά σε αψίδα (κόγχη), και τα οποία κυριάρχησαν τον 4ο και 5ο αιώνα.
Παρόλο που στην βιβλιογραφία για την Κίσαμο αναφέρεται ότι υπήρχε η βασιλική της Κισάμου κάτι τέτοιο ως και σήμερα δεν έχει βρεθεί, παρ΄ όλες τις προσπάθειες εδώ και 30 χρόνια του κ. Ανδριανάκη και άλλων αρχαιολόγων.
Στις τελευταίες όμως ανασκαφές του περασμένου χρόνου, μάλιστα σε ιδιωτική ανασκαφή, στην πόλη της Κισάμου, αποκαλύφτηκε τρίκλητος κατεστραμμένος ναός, αλλά με ευδιάκριτο το ιερό και το συνθρόνο του, αλλά και την βάση από την πρώτη κερκίδα. Βρέθηκε ακόμα και ο στυλοβάτης του τέμπλου, το δάπεδο του ναού είναι από ψηφιδωτό και αρκετές κολώνες που δηλώνουν ότι πρόκειται για παλαιοχριστιανική εκκλησία.
Στην Κίσαμο ο παλαιότερος ναός σήμερα είναι του Αγίου Σπυρίδωνα του 1865 (λένε οτι κτίστηκε εκ θεμελίων σε μικρότερο ιδιωτικό ναό που άνηκε στην οικογένεια Μαρή) δεν υπάρχει τίποτα παλαιότερος αν και η γη μαρτυρά το αντίθετο (νεκροταφεία παλαιοχριστιανικά) και θα πρέπει να υπήρχαν αρκετές εκκλησίες. Στις ως και σήμερα ανασκαφές ένα γύρω από την πόλη δεν υπήρχε ποτέ σοβαρή ένδειξη για ναό ως και πέρυσι. Τώρα όλα συνηγορούν ότι βρισκόμαστε πολύ κοντά σε κάποια ή στην μια και μοναδική βασιλική της Κισάμου.
Φυσικά τίποτα δεν είναι σίγουρο ώσπου να αποκαλυφθεί όλος ο ναός, αλλά φαίνεται καθαρά ότι η αρχαιολογική σκαπάνη κάτι αξιόλογο ανακάλυψε.
Για την ιστορία ο επίσκοπος Κισάμου έφυγε από την πόλη της Κισάμου λόγω των πειρατών και των συχνών επιδρομών που λεηλατούσαν σπίτια και ναούς και πήγε και εγκαταστάθηκε στην Επισκοπή Κισάμου όπου έγινε έδρα της Επισκοπής κατά την δεύτερη βυζαντινή περίοδο.