Η εκστρατεία του Νικηφόρου Φωκά και η απελευθέρωση της Κρήτης από τους Σαρακηνούς Άραβες το 961, υπήρξε ένα ιδιαίτερης σημασίας γεγονός όχι μόνο για τη μεγαλόνησο, αλλά και για την ίδια τη Βυζαντινή Αυτοκρατορία. Παρά τις περιορισμένες πληροφορίες των πηγών, είναι φανερό ότι η επανένταξη της Κρήτης στον κορμό της αποτελεί μία υψηλή προτεραιότητα της σε όλα τα επίπεδα. Στον εκκλησιαστικό τομέα προσωπικότητες, όπως ο Αθανάσιος ο Αθωνίτης, ο Νίκων ο Μετανοείτε και αργότερα ο Ιωάννης Ξένος ο Ερημίτης κινούνται δραστήρια με την ενθάρρυνση της Πολιτείας για την ενίσχυση του θρησκευτικού φρονήματος των κατοίκων του νησιού που είχε χαλαρώσει κατά τη μακροχρόνια κατάκτηση. Η προσπάθεια αυτή είχε τις επεκτάσεις της και στ
ον καλλιτεχνικό τομέα.
Η έρευνα των μεσοβυζαντινών ναών τα τελευταία χρόνια δείχνει ότι η Κρήτη δέχεται ισχυρές τις επιδράσεις της παράδοσης της Κωνσταντινούπολης, τόσο στον τομέα της αρχιτεκτονικής, όσο και της ζωγραφικής και επιβεβαιώνει από τη νότια εσχατία τον οικουμενικό χαρακτήρα της. Με τα στοιχεία που έχουμε πλέον στη διάθεση μας και παρά το γεγονός ότι ένας μεγάλος αριθμός από μνημεία χάθηκε στις μακροχρόνιες περιπέτειες του νησιού, μπορούμε να υποστηρίξουμε ότι κατά τη λεγόμενη Δεύτερη Βυζαντινή Περίοδο (961-1204), αλλά και κατά τον πρώτο αιώνα της Βενετοκρατίας, ασκήθηκε μία διαρκής, υψηλού επιπέδου καλλιτεχνική δραστηριότητα, εξίσου σημαντική, αν όχι σημαντικότερη από άλλες γνωστές περιοχές. Η αποκοπή της Κρήτης στη συνέχεια από τον κορμό της Αυτοκρατορίας, ως συνέπεια της τέταρτης Σταυροφορίας, συνέτεινε και στην καλλιτεχνική απομόνωσή της, αν και ορισμένα μνημεία της κυρίως στο δυτικό τμήμα της, δείχνουν ότι εξακολούθησε να υπάρχει μια ενδιαφέρουσα πορεία εξέλιξης, που διακόπηκε γύρω στα μέσα του 13ου αιώνα.
Το πρώτο στρώμα ζωγραφικής του μικρού καθολικού της Μονής Αντιφωνήτριας των Μυριοκεφάλων, ενός από τους πολλούς ναούς που έκτισε κατά την τρίτη και τέταρτη δεκαετία του 11ου αιώνα ο Ιωάννης ο Ξένος, όπως και ο λαϊκότερος διάκοσμος του ναού του Αγίου Παύλου στους "Οπίσω Αιγιαλούς" των Σφακίων, κτίσμα του ίδιου λίγα χρόνια αργότερα, δείχνουν το επίπεδο της τέχνης, όπως είχε διαμορφωθεί μετά της απελευθέρωση της Κρήτης. Λαϊκές τάσεις του λεγόμενου "μοναστικού" ρεύματος εκφράζουν οι λίγες τοιχογραφίες στους ναούς του Αγίου Ευτύχιου και της Παναγίας Κεράς στο Χρωμοναστήρι Ρεθύμνου.
Η υψηλή ποιότητα του τοιχογραφικού διάκοσμου στον εξίσου ενδιαφέροντα από αρχιτεκτονική άπο
ψη μεγάλο ναό της Αγίας Βαρβάρας στα Λατζιανά Κισάμου από το δεύτερο μισό του 11ου αιώνα και η επικράτηση και στην Κρήτη των νέων εικονογραφικών προγραμμάτων, βεβαιώνουν την συνεχιζόμενη επιρροή της πρωτεύουσας, όπως μας είναι γνωστή από άλλα μνημεία της περιφέρειας. Ανάλογα ισχύουν και για τη βασιλική του Αγίου Παντελεήμονα στο Μπιζαριανώ και για το πρώτο στρώμα ζωγραφικής στον ίδιο ναό, ενώ περί το 1100 μπορούν να χρονολογηθούν οι τοιχογραφίες του πρώτου στρώματος του σταυροειδούς ναού της Παναγίας του Φόδελε στην κεντρική Κρήτη.
Από τα τέλη του 12ου αιώνα χρονολογείται το τρίτο στρώμα τοιχογράφησης του ιδιόρρυθμου αρχιτεκτονικά παλαιοχριστιανικού ναού του Μιχαήλ Αρχαγγέλου στην Επισκοπή Κισάμου. Τις ίδιες τάσεις της ύστερης Κομνήνειας παράδοσης συναντούμε στην τρίκλιτη βασιλική του Αγίου Γεωργίου στον Κουρνά, αλλά και στο δεύτερο στρώμα ζωγραφικής στον Άγιο Παντελεήμονα στο Μπιζαριανώ, στο πρώτο στρώμα στην Παναγία τη Λαμπηνή και στο ναό του Σωτήρα στον Πρινέ Μυλοποτάμου.
Στις αρχές του 13ου α
ιώνα μπορεί να τοποθετηθούν οι λίγες σωζόμενες τοιχογραφίες στο ναό του Αγίου Γεωργίου στον Καλαμά, ενώ ένας συντηρητισμός χαρακτηρίζει τις λίγες σωζόμενες παραστάσεις στα τόξα της βασιλικής των Αγίων Δέκα στο ομώνυμο χωριό της Μεσαράς (τόπο μαρτυρίου και λατρείας των αγίων) και το δεύτερο στρώμα του ναού των Μυριοκεφάλων. Υψηλής ποιότητας είναι και τα σωζόμενα σπαράγματα στο μονόκλιτο ναό του Χριστού, που προστέθηκε κατά το πρώτο τέταρτο του 13ου αιώνα στη βασιλική του Αγίου Γεωργίου στον Κουρνά. Ξεχωριστή σημασία για την ποιότητα και τις πρώιμες ανανεωτικές τάσεις, που εκφράζει, έχει και ο διάκοσμος του μονόχωρου με τρούλο ναού του Αγίου Νικολάου στα Κυριασέλια, που χρονολογείται στην τέταρτη δεκαετία του 13ου αιώνα. Ανάλογη διάθεση, που συνυπάρχει με μία πιο συντηρητική, απαντάται στο ναό της Αγίας Κυριακής στην Αργυρούπολη. Τέλος εξαίρετο δείγμα ζωγραφικής που συνδέει την Κρήτη με τις εξελίξεις των χρόνων των Παλαιολόγων, αποτελούν οι παραστάσεις, που αποκαλύπτονται τον τελευταίο καιρό στο μεγάλο ναό του Αγίου Γεωργίου στον Καμαριώτη Μαλεβυζίου, ο οποίος κτίστηκε από τη γνωστή οικογένεια των Καλλεργών. Ο διάκοσμος μπορεί να αποδοθεί στο ευνοϊκό κλίμα που διαμορφώθηκε από τη γνωστή Συνθήκη του 1291 μεταξύ του Αλέξιου Καλλέργη και της Βενετίας.
Η Εκκλησία βρίσκεται στα δυτικά της ακροπόλεως της Πολυρρήνιας και κτίσθηκε με πέτρες που προέρχονταν στο μεγαλύτερο μέρος από τα ερείπια ενός αρχαίου ελληνιστικού ναού, βόρεια και σε απόσταση 16.5 μέτρων από τον τόπο της εκκλησίας, που ήταν αφιερωμένος, ίσως στην θεά Άρτεμης. Η εκκλησία κατασκευάστηκε το 1894 και κατασκευαστής ήταν ο Αντώνιος Κλαουράκης απο τα Τοπόλια. Η κατασκευή των καμάρων παρουσίασε σοβαρά ελαττώματαεξ αιτίας των οποίων την νύχτα μετά τα εγκαίνια, οι καμάρες κατέρρευσαν ολοκληρωτικά. Το γεγονός ότι η κατάρρευση έγινε χωρίς θύματα αποδόθηκε από τους ντόπιους σε θαύμα των Αγίων Πατέρων. Κατά τα λοιπά ο Kλαουράκης πέθανε λίγο μετά, λόγω της μεγάλης λύπης που του προξένησε το θλιβερό αυτό γεγονός. Η μαρμάρινη πλάκα που θυμίζει την ημερομηνία που κατασκευάστηκε η εκκλησία είναι πάνω από την κύρια είσοδο και λέει τα εξής: 
αν και πέθαναν οι υπόλοιποι 98 Άγιοι Πατέρες. Όσοι έχετε επισκεφθεί την εκκλησία στην Πολυρρήνια θα παρατηρήσατε ότι είναι γεμάτη από επιγραφές, που προέρχονται από τον διπλανό ελληνιστικό ναό. Συνολικά υπάρχουν 31 επιγραφές και τις οποίες μελέτησε ο Ισπανός επιγραφολόγος Άγγελος Μαρτίνεζ. 
αν και πέθαναν οι υπόλοιποι 98 Άγιοι Πατέρες. Όσοι έχετε επισκεφθεί την εκκλησία στην Πολυρρήνια θα παρατηρήσατε ότι είναι γεμάτη από επιγραφές, που προέρχονται από τον διπλανό ελληνιστικό ναό. Συνολικά υπάρχουν 31 επιγραφές και τις οποίες μελέτησε ο Ισπανός επιγραφολόγος Άγγελος Μαρτίνεζ. 
